보문제일교회는 1916년 경기도 고양군 신설리150번지(현 종로구 숭인공 710)에서 첫모임을 시작하였다. 1919년에 기도처를 신설리150-3으로 이전하였는데 당시 신도는 40명 정도였다. 당시 동대문 지역에는 북감리회 동대문교회의 기도처 용두동교회와 왕십리교회가 있었고, 남감리회는 광희문교회의 기도처 신설리교회와 수철리교회가 있었다. 이중 보문제일교회는 신설리교회에 기원을 두고 있다. 1967년 현 보문동6가 337번지에 132평을 매입하고 신축을 결의하였다. 이후 1968년 교회를 준공하고 이전하였다. 한때 감리회는 교회분열이 일어났지만 오래지 않아 다시 통합되어 '하나된 감리교회' 전통이 지금까지 이어지고 있다. 보문제일교회도 이러한 역사적 맥락에서 세워진 기독교대한감리회 소속의 교회 중 하나이다.